Mille cinq cents ans après une guerre entre les Hégémonies de la Terre et les Sélénites, compagnies minières basées sur la Lune, l'humanité a été presque totalement exterminée et des espèces mutantes survivent malgré les retombées radioactives, chimiques et bactériologiques de la dernière bataille, fin XXIIIe siècle, qui a détruit en partie la Lune.
En 3892, dans le Silo, un abri souterrain profondément enterré dans l'ancien Michigan, sept mille humains se préservent en hibernation malgré les mutations qu'ils ont déjà subies et les risques psychiques de la « semi-mort ». Un groupe de guérisseurs est réveillé par Toth car ce cerveau commandant la base vieillit et a été incapable d'empêcher une explosion près du réacteur nucléaire. Une expédition est organisée pour aller rechercher un autre cerveau, Horus, le neural de la base militaire d'Érié.
En chemin, ils découvrent les cratères radioactifs causés par les derniers bombardements, les mutations subies par les animaux devenus pour certains des espèces civilisées, tels les Iguanes dont l'aide va permettre d'atteindre Horus. Cependant, le neural suit toujours les directives de la guerre, et en dernier recours la protection des derniers humains. North, apparu dès la première case du premier tome, décide de livrer son esprit à Horus pour que celui-ci découvre la situation réelle de la Terre.
( sur wikipedia )